Die Korntal-Münchinger Markung ist arm an Gewässer, da sich im Untergrund vielfach Gipskeuper und Muschelkalk befindet, wo das Wasser leicht versickert, so dass die Gewässer im Sommer z.T. auch austrocknen können. Deshalb ist es wichtig, die wenigen Gewässer sorgfältig zu pflegen:
- „Seele“ im Seewald
- Feuchtbiotop am Grünen Heiner (wichtiges Laichgewässer für Kröten)
- Aischbach nördlich von Münchingen
- Räuschelbach in Münchingen
- Lachengraben im Gschnaidt, mit Zufluss von der Gärtnerei Busch
- Glems ganz im Westen der Markung.